合理配置生活必需品是维持避难所运转的核心要素。电力、食物和水是三大基础资源，缺一不可。电力通过发电站或核电站生产，为其他设施提供能源支持；食物由餐厅或花园生产，确保居民生存需求；水处理厂或净水点负责供应清洁水源，防止居民因脱水或辐射影响健康。这三种资源需保持动态平衡，任何一项短缺都会导致避难所功能瘫痪。
医务室生产治疗针，用于恢复居民生命值；科学实验室制造消辐宁，消除辐射对居民血上限的负面影响。冷冻室可临时容纳过剩人口，广播室则能提升居民幸福度并吸引外来幸存者。武器工坊和装备工坊为居民提供武器与护甲，增强防御能力。这些设施需集中布置在中层区域，便于快速响应突发事件。
力量室、感知室、耐力室等七种训练设施分别对应不同属性，通过长期训练可优化居民工作效率。例如高力量居民更适合发电站工作，高敏捷居民在餐厅效率更高。训练室应靠近生产区，减少居民移动时间。宠物中心可加速训练进程，记忆保管库则提供模拟战斗环境，帮助居民实战演练。
宿舍是居民休息和繁衍的场所，容量需与人口增长同步扩展；储藏室用于存放武器、装备等物资，等级提升可增加库存上限。核子可乐装瓶室能同时生产食物和水，适合资源紧张时期使用。电梯作为垂直交通枢纽，每层仅需一部即可满足需求，过度建造会浪费电力。
特殊功能房间能显著提升避难所效能。雷达室可扫描外部资源点，配件工厂制造高级装备提升战力，主题工坊允许自定义避难所外观。研究所通过科技研发提高整体效率，而娱乐设施如台球桌能缓解居民压力。这些房间虽非生存刚需，但能优化长期运营效率，建议在资源充裕时优先建造。
