火影忍者幻之试炼的关卡存在多种模式，核心涵盖常规主线关卡、无尽试炼、隐藏特殊关卡三大类，同时关卡内还细分不同战斗与交互场景，整体玩法结构丰富且随机多变。
常规主线关卡是幻之试炼的基础模式，采用走格子的随机地图推进，每关需击败指定BOSS通关，整体分为七个主线关卡，每关之间穿插2至3个随机内容格子。这些随机格子包含遭遇战、商店、神秘房间、幻境扭曲等不同类型，遭遇战是核心战斗环节，主要迎战各类杂兵敌人，是获取试炼币与属性增益的主要途径。商店可消耗试炼币购买增益卡牌、更换现有卡牌或升级卡牌，还能触发特殊商人战斗，击败后可获取额外奖励。神秘房间会触发特殊事件，比如选择卡牌增益、触发隐藏宝箱或幻境跳转等随机福利。幻境扭曲则分为本地与多人类型，本地常出现火鸡、忍猫等特殊敌人，胜利后可获得洗牌选增益的机会，多人则保留合作玩法，玩家可组队共同挑战强敌。主线关卡的BOSS战难度逐步提升，从前期的普通BOSS到后期的半蛇兜、佩恩天道、白面具带土等强力BOSS，部分BOSS还分多阶段战斗，比如白面具带土会先后召唤外道魔像、开启神威空间战斗，对玩家的属性积累与操作技巧都有极高要求。
无尽试炼是主线通关后解锁的进阶模式，没有关卡上限，玩家可使用主线中积累的强化卡组与忍者形态持续挑战。该模式难度随关卡数递增，敌人强度与BOSS机制会不断升级，考验玩家的极限发育与战斗续航能力，同时设有专属排行榜，表现优异的玩家会以NPC形式出现在其他玩家的试炼场景中，还会在名人堂石碑永久记录通关卡组与成绩。此外还有隐藏特殊关卡，需满足特定条件解锁，比如携带英雄之证可开启第七关隐藏挑战，使用特定忍者卡卡西通关后能解锁幻神称号。部分主线关卡中还存在隐藏宝箱关，通关后若出现延迟加载，即可找到隐藏路径获取额外宝箱与强力增益，大幅提升后续通关概率。
不同模式下还衍生出多种玩法流派，玩家可根据模式特点选择发育方向。秘卷流适合稳健型玩家，核心选择一字连柱、水龙卷等秘卷，搭配秘卷连发、秘卷魔化等增益，依靠高频高伤秘卷稳定输出，应对多阶段BOSS优势明显。一拳流依赖近战爆发，选用醉拳李洛克等体术忍者，搭配岩落之拳、无臂·均衡等能力，配合猿魔等通灵兽，普攻可打出高额爆发。清屏流适合范围输出偏好，选择四尾鸣人等忍者，搭配永恒查克拉、结印增强等增益，依靠大范围奥义快速清场，适配遭遇战与多敌人场景。不同流派在各模式中适配性不同，主线关卡适合均衡发育，无尽试炼更偏向极限输出，隐藏关卡则需兼顾生存与爆发，合理选择流派才能高效通关。
